En 1985, la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) creó el Centro de Investigaciones Humanísticas de Mesoamérica y el Estado de Chiapas (CIHMECH) al integrar una asociación civil conformada por la propia Universidad y cuatro instituciones locales. En 1991 optó por incorporar en su totalidad dicho Centro, y lo dotó de presupuesto propio y plazas administrativas y académicas. A partir de 1998 se reestructura bajo la figura del Programa de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Mesoamérica y el Sureste (PROIMMSE), adscrito al Instituto de Investigaciones Antropológicas (IIA). En marzo de 2015, el Consejo Universitario aprobó su transformación en un Centro foráneo adscrito a la Coordinación de Humanidades.
Consolidar las actividades de investigación, docencia y difusión de la UNAM en el estado de Chiapas, así como apoyar los proyectos de investigación multidisciplinaria sobre los diferentes temas y problemáticas de Chiapas y la frontera sur de México, para contribuir de ese modo al fortalecimiento de la vocación nacional de la Máxima Casa de Estudios del país.
Posicionar al Centro de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Chiapas y la Frontera Sur como la representación de la UNAM en Chiapas y en la frontera sur de México, a partir de investigaciones originales y de alta calidad académica, la docencia y la difusión, con el fin de contribuir a la formulación de propuestas viables para la atención de los grandes problemas que se presentan en esta región. Asimismo, se plantea desarrollar la colaboración y el intercambio con otros institutos y centros de investigación de la región, y con la sociedad en general.
Impulsar y realizar investigaciones multidisciplinarias en ciencias sociales y humanidades referidas primordialmente a Chiapas y la frontera sur.